Sjöfartsmuseet ligger på territoriet för en byggnad med en lång historia - Jeronimos-klostret, och specifikt i dess västra del i Lissabon. Det är ett av de äldsta förråden av historiska artefakter i Portugal. Byggnaden har varit öppen för allmänheten sedan sommaren 1863.
Utställningarna som presenterades i museets salar började att samlas in redan på 1700-talet och idag omfattar samlingen cirka 18 tusen prover, varav 2,5 tusen är permanent lokaliserade. Huvudtemat för utställningen är upptäckterna av Portugals infödda inom det geografiska området. Denna era kallas "den gyllene eran" i statens historia.
Museet demonstrerar visuellt hela historien om skeppsbygget i Portugal, som inkluderar detaljerade modeller av fartyg, verktyg för långa resor, kartor och andra föremål från den tiden som användes av navigatörer.
Men Lissabonmuseet presenterar inte bara modeller av militära fartyg. Modeller av den portugisiska handelsflottan i mycket reducerad skala finns också i museets samling. Totalt finns på denna plats flera dussin prover av handelsfartyg byggda under perioden från 1800-talet till nutid. Men fortfarande ägnas den största uppmärksamheten åt den portugisiska flottans fartyg. Utställningen består av både modeller av militära fartyg från 1800-talet och prover på fregatter skapade i vår tid.
Det finns också en utställning på museets territorium tillägnad historien om fiske, främst torsk. Fartyg för färd längs floden visas också.